Atomix berlaku di padang permainan yang terdiri daripada beberapa dinding, dengan atom-atom bertaburan di seluruh.
Pemain ditugaskan untuk memasang molekul daripada atom. Atom mesti disusun supaya sepadan dengan molekul yang dipaparkan di sebelah kiri skrin.
Pemain boleh memilih atom dan menggerakkannya ke mana-mana daripada empat arah kardinal. Atom yang bergerak terus meluncur ke satu arah sehingga ia mencecah dinding atau atom lain.
Menyelesaikan teka-teki memerlukan perancangan strategik dalam menggerakkan atom, dan pada tahap kemudian dengan sedikit ruang kosong, malah mencari ruang untuk molekul yang telah siap boleh menjadi masalah. Setelah molekul dipasang, pemain diberi skor; lebih cepat teka-teki disiapkan, lebih tinggi markahnya.
Setiap teka-teki mesti diselesaikan dalam had masa. Sebahagian daripada markah pemain boleh dibelanjakan untuk memulakan semula teka-teki yang gagal. Keseluruhan permainan terdiri daripada 30 teka-teki dengan kesukaran yang semakin meningkat.
Di samping itu, selepas setiap lima teka-teki, terdapat tahap bonus di mana pemain mesti menggerakkan kelalang makmal yang diisi dengan pelbagai jumlah cecair untuk menyusunnya daripada kosong kepada penuh.
New Android ready!