एटोमिक्स एक खेल के मैदान पर होता है जिसमें कई दीवारें होती हैं, जिसमें परमाणु बिखरे हुए होते हैं।
खिलाड़ी को परमाणुओं से एक अणु को जोड़ने का काम सौंपा जाता है। स्क्रीन के बाईं ओर प्रदर्शित अणु से बिल्कुल मेल खाने के लिए परमाणुओं को व्यवस्थित किया जाना चाहिए।
खिलाड़ी एक परमाणु चुन सकता है और इसे चार मुख्य दिशाओं में से किसी में भी स्थानांतरित कर सकता है। एक हिलता हुआ परमाणु एक दिशा में तब तक फिसलता रहता है जब तक कि वह किसी दीवार या किसी अन्य परमाणु से टकराता नहीं है।
पहेलियों को हल करने के लिए परमाणुओं को स्थानांतरित करने में रणनीतिक योजना की आवश्यकता होती है, और बाद के स्तरों पर थोड़ी खाली जगह के साथ, पूर्ण अणु के लिए जगह ढूंढना भी एक समस्या हो सकती है। एक बार अणु इकट्ठे हो जाने के बाद, खिलाड़ी को एक अंक दिया जाता है; पहेली जितनी तेजी से पूरी हुई, स्कोर उतना ही अधिक था।
प्रत्येक पहेली को एक समय सीमा के भीतर पूरा किया जाना चाहिए। असफल पहेली को पुनः आरंभ करने के लिए खिलाड़ी के स्कोर का एक हिस्सा खर्च किया जा सकता है। पूरे खेल में बढ़ती कठिनाई की 30 पहेलियाँ हैं।
इसके अलावा, प्रत्येक पांच पहेलियों के बाद, एक बोनस स्तर होता है जहां खिलाड़ी को विभिन्न मात्रा में तरल से भरे प्रयोगशाला फ्लास्क को खाली से पूर्ण करने के लिए व्यवस्थित करना चाहिए।
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